Основан е през VI-VII век като част от средновековен епископски комплекс „Св. Йоан Продром“.

На заседанието си днес правителството одобри допълнителни 800 хил. лв. за довършване на строителството на средновековния манастирски комплекс „Св. Йоан Предтеча“ в Кърджали.

Манастирският комплекс е бил част от средновековен епископски комплекс „Св. Йоан Продром“. Основан е през VI-VII век. В края на IX и началото на X век той се е превърнал в епископско, а по-късно и в митрополитско средище.

Руините на някогашния манастир са открити при строителни работи през 60-те години на миналия век. Цялостното археологическо проучване е извършено в периода 1980-1984 г. Реставрацията протича от 1998 г. до 2000 година. Тогава е осветена отново възстановената църква на манастира. Поради високата художествена и архитектурна стойност, останките от средновековния манастир и църква „Св. Йоан Продром“ са обявени за паметници на културата от национално значение.

С постановлението на правителството манастирът, освен исторически паметник ще се превърне духовен център на Източните Родопи, съчетавайки религиозна, просветна и социална дейност.