Роден е на 11 ноември 1937 година в петричкото село Чуричение в род, произхождащ от западномакедонския град Охрид. Завършва средното си образование в Петрич. През 1965 година завършва и висшето си образование в Софийския държавен университет, специалност "История", след което се отдава на изследвания, посветени главно на българското националноосвободително движение след Берлинския конгрес, предимно на македонския въпрос. Специализира в Лондон, Москва и Санкт Петербург. Автор е на над 60 статии, както и на няколко самостоятелни издания.

Доц. д-р Стоян Германов се включва в дейността на възстановения през май 1990 година Македонски научен институт. От 1991 година е негов научен секретар.