Онова, което придава на Мелник специфичен облик през османската епоха, е значителният превес на християнското над мюсюлманското население.През 1519 г. християнските домакинства наброяват 824, а мюсюлманските само 19. Вероятно става въпрос за служебни лица със семействата им, ангажирани във военноадминистративните органи на тази власт. По-късно, през ХVIII-ХIХ в. с увеличаване на турското население е обособена турска махала, редом до християнската около църквата „Св. Йоан Предтеча“. В османски документ от ХV в. са отбелязани арменска и еврейска махала.

През ХV-ХVI в. Мелнишката митрополия била най-добре организираната и най-мощната в Кюстендилския санджак. Османската власт не нарушила териториалното разпределение на енорийските структури, както и не се развила паралелна мюсюлманска религиозна структура, вероятно поради малкия брой мюсюлмански домакинства. Решаваща роля за запазването на града като християнска твърдина имала и Вселенската цариградска патриаршия, към която принадлежала Мелнишката митрополия. Заедно с Охридската архиепископия са двете автокефални православни църкви на Балканите, които османците не унищожили при превземането на съответните църковни центрове. Вселенската патриаршия успяла да вземе превес пред падишаха и да осигури по-добро положение на епархиите си, не само в църковно, но и в търговско отношение. Търговията се осъществява както на територията на Османската империя, така и извън пределите й, главно с Трансилвания, Италия, Унгария и Полша. Основни стоки на мелнишките търговци били аба, сурова коприна, памучната тъкан „богасия“, обработени кожи, железарски изделия, пчелен мед, восък, вино.